데이터 준비¶

EvolvePro는 두 가지 입력 파일이 필요합니다: FASTA 파일(서열)과 CSV 파일(활성 데이터).

입력 파일 형식¶

각 변이체의 아미노산 서열을 담고 있습니다:

>WT
MSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGK...
>A1V
VSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGK...
>A1L
LSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGK...

각 변이체의 실험 측정값을 담고 있습니다:

variant,activity
WT,1.0
A1V,0.85
A1L,1.23
S2T,0.92

EvolvePro에는 예제 데이터셋이 포함되어 있습니다:

conda activate evolvepro
cd /workspace/$USER/EvolvePro
ls data/dms/

각 데이터셋 디렉토리에 FASTA와 CSV 파일이 있습니다.